MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC plasmid p6BC

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015217	CAA	2	6	60	65	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286951
2	NC_015217	T	6	6	96	101	0 %	100 %	0 %	0 %	332286951
3	NC_015217	GAAA	2	8	113	120	75 %	0 %	25 %	0 %	332286951
4	NC_015217	CAA	2	6	123	128	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286951
5	NC_015217	CAG	2	6	208	213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286951
6	NC_015217	TTA	2	6	218	223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286951
7	NC_015217	ATC	2	6	229	234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286951
8	NC_015217	TAA	2	6	237	242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286951
9	NC_015217	AGC	2	6	262	267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286951
10	NC_015217	TGA	2	6	316	321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286951
11	NC_015217	AAG	2	6	359	364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286952
12	NC_015217	T	7	7	372	378	0 %	100 %	0 %	0 %	332286952
13	NC_015217	TAG	2	6	485	490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286952
14	NC_015217	GAA	2	6	514	519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286952
15	NC_015217	TACT	2	8	548	555	25 %	50 %	0 %	25 %	332286952
16	NC_015217	ACA	2	6	579	584	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286952
17	NC_015217	GA	3	6	599	604	50 %	0 %	50 %	0 %	332286952
18	NC_015217	A	6	6	630	635	100 %	0 %	0 %	0 %	332286952
19	NC_015217	ACA	2	6	652	657	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286952
20	NC_015217	CCT	2	6	901	906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	332286952
21	NC_015217	TCT	2	6	913	918	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286952
22	NC_015217	CAGA	2	8	919	926	50 %	0 %	25 %	25 %	332286952
23	NC_015217	GT	3	6	930	935	0 %	50 %	50 %	0 %	332286952
24	NC_015217	TCT	2	6	997	1002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286952
25	NC_015217	CAC	3	9	1318	1326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	332286953
26	NC_015217	ATT	2	6	1335	1340	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286953
27	NC_015217	AGC	2	6	1356	1361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286953
28	NC_015217	AGAA	2	8	1396	1403	75 %	0 %	25 %	0 %	332286953
29	NC_015217	TAG	2	6	1427	1432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286953
30	NC_015217	AT	3	6	1439	1444	50 %	50 %	0 %	0 %	332286953
31	NC_015217	TGT	2	6	1477	1482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286953
32	NC_015217	AGC	2	6	1569	1574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286953
33	NC_015217	TA	3	6	1579	1584	50 %	50 %	0 %	0 %	332286953
34	NC_015217	TTA	2	6	1622	1627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286953
35	NC_015217	AG	3	6	1711	1716	50 %	0 %	50 %	0 %	332286953
36	NC_015217	GTT	2	6	1719	1724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286953
37	NC_015217	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	332286953
38	NC_015217	A	6	6	1869	1874	100 %	0 %	0 %	0 %	332286953
39	NC_015217	AG	3	6	1954	1959	50 %	0 %	50 %	0 %	332286953
40	NC_015217	ACA	2	6	1986	1991	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286953
41	NC_015217	CAAT	2	8	1997	2004	50 %	25 %	0 %	25 %	332286953
42	NC_015217	TAT	3	9	2011	2019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286953
43	NC_015217	A	8	8	2100	2107	100 %	0 %	0 %	0 %	332286953
44	NC_015217	TCT	2	6	2149	2154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286953
45	NC_015217	T	7	7	2325	2331	0 %	100 %	0 %	0 %	332286954
46	NC_015217	TAG	2	6	2348	2353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286954
47	NC_015217	T	7	7	2429	2435	0 %	100 %	0 %	0 %	332286954
48	NC_015217	TG	3	6	2489	2494	0 %	50 %	50 %	0 %	332286954
49	NC_015217	TTTC	2	8	2578	2585	0 %	75 %	0 %	25 %	332286954
50	NC_015217	TAA	2	6	2630	2635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286954
51	NC_015217	TTG	2	6	2636	2641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
52	NC_015217	AC	3	6	2648	2653	50 %	0 %	0 %	50 %	332286954
53	NC_015217	TGT	2	6	2709	2714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
54	NC_015217	GAA	2	6	2750	2755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286954
55	NC_015217	ATA	2	6	2810	2815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286954
56	NC_015217	TGA	2	6	2887	2892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286954
57	NC_015217	ATT	2	6	2911	2916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286954
58	NC_015217	TTAG	2	8	2941	2948	25 %	50 %	25 %	0 %	332286954
59	NC_015217	AT	3	6	2951	2956	50 %	50 %	0 %	0 %	332286954
60	NC_015217	TGC	2	6	2961	2966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332286954
61	NC_015217	AC	3	6	2994	2999	50 %	0 %	0 %	50 %	332286954
62	NC_015217	TGT	2	6	3038	3043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
63	NC_015217	TTCT	2	8	3095	3102	0 %	75 %	0 %	25 %	332286954
64	NC_015217	AGA	2	6	3150	3155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286954
65	NC_015217	AGAA	2	8	3225	3232	75 %	0 %	25 %	0 %	332286954
66	NC_015217	GTT	2	6	3249	3254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
67	NC_015217	CA	4	8	3315	3322	50 %	0 %	0 %	50 %	332286954
68	NC_015217	GAA	3	9	3436	3444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
69	NC_015217	T	6	6	3466	3471	0 %	100 %	0 %	0 %	332286955
70	NC_015217	ATT	2	6	3491	3496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286955
71	NC_015217	TGT	3	9	3510	3518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286955
72	NC_015217	CAC	2	6	3535	3540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	332286955
73	NC_015217	AT	3	6	3563	3568	50 %	50 %	0 %	0 %	332286955
74	NC_015217	AT	3	6	3584	3589	50 %	50 %	0 %	0 %	332286955
75	NC_015217	CAATAT	2	12	3605	3616	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	332286955
76	NC_015217	AGA	2	6	3640	3645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
77	NC_015217	ATC	2	6	3719	3724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286955
78	NC_015217	GATT	2	8	4002	4009	25 %	50 %	25 %	0 %	332286955
79	NC_015217	TTC	2	6	4035	4040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286955
80	NC_015217	ATTAT	2	10	4057	4066	40 %	60 %	0 %	0 %	332286955
81	NC_015217	TGT	2	6	4080	4085	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286955
82	NC_015217	TGC	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332286955
83	NC_015217	CAAAT	2	10	4196	4205	60 %	20 %	0 %	20 %	332286955
84	NC_015217	AG	3	6	4209	4214	50 %	0 %	50 %	0 %	332286955
85	NC_015217	CTT	2	6	4238	4243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286955
86	NC_015217	A	6	6	4450	4455	100 %	0 %	0 %	0 %	332286955
87	NC_015217	AGA	2	6	4563	4568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
88	NC_015217	TGT	2	6	4589	4594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286955
89	NC_015217	TAT	2	6	4663	4668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286955
90	NC_015217	TAG	2	6	4703	4708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286955
91	NC_015217	CAA	2	6	4736	4741	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286955
92	NC_015217	AAG	2	6	4784	4789	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
93	NC_015217	AGA	2	6	4871	4876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
94	NC_015217	AGC	2	6	4964	4969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286956
95	NC_015217	CAA	2	6	4990	4995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286956
96	NC_015217	TTAT	2	8	5021	5028	25 %	75 %	0 %	0 %	332286956
97	NC_015217	A	7	7	5114	5120	100 %	0 %	0 %	0 %	332286956
98	NC_015217	AAG	2	6	5158	5163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
99	NC_015217	GAA	2	6	5247	5252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
100	NC_015217	TC	3	6	5275	5280	0 %	50 %	0 %	50 %	332286956
101	NC_015217	GAA	2	6	5343	5348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
102	NC_015217	A	6	6	5370	5375	100 %	0 %	0 %	0 %	332286956
103	NC_015217	TCA	2	6	5386	5391	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286956
104	NC_015217	TAG	2	6	5410	5415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286956
105	NC_015217	A	8	8	5540	5547	100 %	0 %	0 %	0 %	332286956
106	NC_015217	AAATAG	2	12	5581	5592	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	332286956
107	NC_015217	AT	3	6	5630	5635	50 %	50 %	0 %	0 %	332286956
108	NC_015217	A	7	7	5652	5658	100 %	0 %	0 %	0 %	332286956
109	NC_015217	AAAC	2	8	5711	5718	75 %	0 %	0 %	25 %	332286956
110	NC_015217	A	6	6	5748	5753	100 %	0 %	0 %	0 %	332286956
111	NC_015217	TATTT	2	10	5758	5767	20 %	80 %	0 %	0 %	332286956
112	NC_015217	CAA	2	6	5794	5799	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286956
113	NC_015217	CAA	2	6	5818	5823	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286956
114	NC_015217	TTG	2	6	5835	5840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286956
115	NC_015217	CAA	2	6	5983	5988	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286957
116	NC_015217	CAG	2	6	6017	6022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286957
117	NC_015217	CCA	2	6	6083	6088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	332286957
118	NC_015217	AAG	2	6	6194	6199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286957
119	NC_015217	AAT	2	6	6210	6215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286957
120	NC_015217	A	6	6	6269	6274	100 %	0 %	0 %	0 %	332286957
121	NC_015217	TTTA	2	8	6288	6295	25 %	75 %	0 %	0 %	332286957
122	NC_015217	CTG	2	6	6386	6391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332286957
123	NC_015217	CAT	2	6	6393	6398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286957
124	NC_015217	TCA	2	6	6481	6486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286957
125	NC_015217	TGTT	2	8	6498	6505	0 %	75 %	25 %	0 %	332286957
126	NC_015217	ACA	2	6	6524	6529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286957
127	NC_015217	TC	3	6	6551	6556	0 %	50 %	0 %	50 %	332286957
128	NC_015217	TGG	2	6	6564	6569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	332286957
129	NC_015217	GTG	2	6	6578	6583	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	332286957
130	NC_015217	AT	3	6	6644	6649	50 %	50 %	0 %	0 %	332286957
131	NC_015217	ACA	2	6	6666	6671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286957
132	NC_015217	TAA	2	6	6682	6687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286957
133	NC_015217	ATGA	2	8	6779	6786	50 %	25 %	25 %	0 %	332286958
134	NC_015217	A	6	6	6879	6884	100 %	0 %	0 %	0 %	332286958
135	NC_015217	T	6	6	6889	6894	0 %	100 %	0 %	0 %	332286958
136	NC_015217	ACTT	2	8	6942	6949	25 %	50 %	0 %	25 %	332286958
137	NC_015217	ATA	2	6	7011	7016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286958
138	NC_015217	A	7	7	7027	7033	100 %	0 %	0 %	0 %	332286958

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.